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【华纳百川】升级版MGISEQ平台靶向捕获测序全策略

去年12月,纳昂达科技和华大智造签署战略合作协议,共同开发基于MGISEQ测序平台的文库构建和靶向捕获方案,同期我们首次公布了。


天天彩票下载app 经过半年深度研发,我们对MGISEQ平台靶向捕获测序整体解决方案进行了全面升级:


  • 适用于多种样本类型
  • 通用建库模块搭配两种接头
  • 分子标签助力低频突变检验
  • 针对肿瘤检测升级版商品化Panel
  • 更灵活的定制探针方案






图1.  MGISEQ平台靶向捕获整体解决方案。天天彩票下载app样本利用 NanoPrep™ 系列文库构建试剂盒进行文库构建;NanoBlockers 在靶向捕获过程中有效封闭接头序列;商品化或定制化 Panel 实现对目标区域的高效富集。


多样本类型


天天彩票下载app 升级后的NanoPrep™文库构建系列(for MGI)可以适用于gDNA/FFPE/cfDNA等多种样本类型;应用于宏基因组测序、全基因组测序、靶向捕获测序及低频突变检测(表1)。

 

   表1.  NanoPrep™ for MGI文库构建系列应用方向


升级后NanoPrep™系列文库依旧延续了高文库转化率的特点,起始量可低至0.5 ng;并且增加了针对cfDNA样本低频突变检验的分子标签接头模块。图2展示了不同起始量cfDNA样本分子标签建库产出。



图2.  NanoPrep™ for MGI 对cfDNA 样本分子标签建库产出。A. 文库产出稳定高效;B. 5 ng 起始量cfDNA 分子标签文库片段质检。 (Agilent 2100 Bioanalyzer)。


通用建库模块


NanoPrep™ for MGI文库构建全流程流程采取通用接头模块,通过搭配两种接头,实现不同应用目的。


若对gDNA/FFPE样本进行宏基因组测序、全基因组测序及靶向捕获测序,可以使通用接头(图3)。若应用于液体活检,对cfDNA样本进行低频突变检测,则推荐连接双端分子标签(Bi-Molecular Identifier, BMI)接头,采取”分子标签建库流程“(图4)。


图3. 通用型建库流程。


图4. 分子标签建库流程。


抽丝剥茧寻低频


本次升级,增加的BMI接头主要应用于低频突变检验。基于BMI回溯和验证测序结果在原始DNA双链上的一致性,剔除由DNA损伤、PCR扩增错误、测序错误等引起的“假”突变,抽丝剥茧的寻找低频“真”突变。




图5. 引入分子标签的必要性。BMI 可用于回溯和验证测序结果在原始DNA 双链上的一致性。


天天彩票下载app 为了验证BMI在低频检验中的作用,我们将模拟“肿瘤”和模拟“正常”的样本按照特定比例进行混合,得到频率为0.1%,0.2%,0.5%和1%的突变,后续分析覆盖度(Coverage)、灵敏度(Sensitivity)和阳性预测值(Positive predictive value, PPV)(图7)。结果显示,BMI将低频突变检测PPV提高到95%以上。


图6. “肿瘤”突变和“正常”背景以10 ng,1%(0.5%)和 25 ng,0.2%(0.1%)两种方式混合,模拟低频突变。





图7. 覆盖深度 ( A) 、阳性预测值 (B)、检测灵敏度 (C)  在使用分子标签分析下的变化。 



高捕获效率的保证

NanoBlockers


天天彩票下载app 封阻序列在靶向捕获过程中,可有效降低adapter 之间的非特异性结合,是高中靶率的前提保证(图8)。NanoBlockers for MGI作为通用封阻序列,可以封阻MGISEQ平台单端及含有分子标签的多种indexed-adapters。


图 8. NanoPrep™ NanoBlockers (for MGI) 封阻效果。A. NanoPrep™ NanoBlockers (for MGI) 通用封阻多种 10 nt indexed-adapters,有效降低 adapter 之间非特异性连接; B. 利用目标区域约为 1 M Panel 进行靶向捕获,捕获文库起始量为 500 ng 和 6 μg 情况下,NanoBlockers 高效封闭文库接头,保证较高的捕获效率。 


针对肿瘤的捕获Panel


天天彩票下载app 针对不同类型的肿瘤检测,现有拓展版的外显子捕获Panel、全面型的泛癌捕获Panel和循环肿瘤DNA捕获Panel。


拓展版外显子捕获:Exome Plus Panel

基于IDT 全外显子捕获Panel(xGen Exome Research Panel),我们研发的拓展版外显子——Exome Plus Panel v1.0*,可以进行多种变异分析与检测,如肿瘤突变负荷(TMB)、拷贝数变异(CNV)、基因融合、微卫星不稳定(MSI)及 HLA 分型等。表2展示了2个gDNA样本在MGISEQ平台上的拓展版外显子捕获质控数据。


 表 2. Exome Plus Panel v1.0 在 MGISEQ 测序平台的表现 


* Exome Plus Panel is strengthened by IDT.


全面型泛癌捕获:OncoM Panel

天天彩票下载app OncoM Panel v1.0 是全面型泛癌捕获Panel,用于进行实体瘤研究、分析与检测。该Panel覆盖基因组~2.5 Mb区域,包括549个基因的编码区域及常见融合相关的内含子区域和非编码区域,拓展了对TMB、DNA 错配修复缺陷(MMR)、MSI、HLA 分型的检测。


图9. 泛癌捕获Panel在 MGISEQ-2000 平台的捕获表现。A. 血液来源gDNA及标准品比对率 >99%,捕获效率 >89%; B. 标准品突变频率检测。


循环肿瘤DNA捕获:NanoCT Panel

NanoCT Panel v1.0-Tech Access 是一款用于研究、分析与检测循环肿瘤DNA (circulating tumor DNA, ctDNA) 的基础型Panel,涉及与肿瘤发生与靶向治疗密切相关的~100 个基因,可检测包括碱基替换、插入/ 缺失、基因重排在内的多种变异类型。

 

除以上Panel外,我们还提供线粒体捕获Panel、样本追踪Panel及个性化定制Panel。


更灵活的探针定制方案

Less cost,Easy start

天天彩票下载app 定制捕获方案依旧延续之前精准合成,捕获均一的特点,但是提供了更灵活的定制方案。在之前基因数订购,探针订购的基础上,增加了以探针反应数订购方式:16 rxn,96 rxn及4x96 rxn规格的探针Panel(Probe pool),进一步降低门槛,以更高性价比启动捕获实验。


任何形式的订购的Panel,探针浓度已知,可以灵活混合,扩展捕获区域。


图10. 多款 Panel / 探针之间可以相互混合,灵活使用。 


天天彩票下载app 华大智造推出的MGISEQ作为国之重器,正势如破竹的开拓全球市场,作为华大智造战略合作伙伴,纳昂达科技还将坚持一贯的Nano Trans More的理念,在提供靶向捕获整体解决方案的道路上,创新进取,永不止步。



产品介绍



NanoPrep™   文库构建系列




捕获系列


您可以联系400 8717 699;support@nanodigmbio.com或关注纳昂达科技公众号获取更多产品信息。


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