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xGen Lockdown Panels

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xGen Exome Research Panel v1.0

xGen Exome Research Panel覆盖基因组~51 M 的区域, 包含>19,000 个基因的编码区域。该Panel 久经考验, 兼顾全面性、有效性和性价比。 该Panel适用于全面的基因组分析(包括SNV、Indel、CNV、基因重排等),可实现对肿瘤免疫治疗的生物标志物,如TMB、MSI和HLA等指标的分析。

产品标题
 全外显子·xGen Exome Research Panel v1.0

产品简介

外显子测序是探究人类基因组编码区的重要手段之一。外显子区域约占整个基因组区域的2%,因此寻找一个有效的方法富集编码区域从而深入探究那些与疾病相关的重要突变就显得尤为关键。靶向捕获测序以其较为均匀的覆盖,成为探究全外显子的方法之一。

该Panel适用于全面的基因组分析(包括SNV、Indel、CNV、基因重排等),可实现对肿瘤免疫治疗的生物标志物,如TMB、MSI和HLA等指标的分析。

IDT生产的xGen Exome Research Panel v1.0涉及19,396个基因的编码区域(CDS, coding sequences),探针以end-to-end的方式覆盖51 Mb的区域。该Panel包含429,826条独立合成,独立质检的xGenLockdown Probes,保证每条探针的物质的量与合成准确度。

产品特点

探针精准合成:独立合成,独立质检。
适配多种二代测序平台:适配 Illumina & MGISEQ等测序平台。
均一、高效捕获:GC偏好性小,捕获均一
使用灵活:支持多样本混合捕获,可以spike-in其他Panel或定制探针

产品详情

完美适配双平台


图 1. NanoPrep™ 核心外显子捕获在 MGISEQ-2000 和 HiSeq X Ten 测序对比。分别在两个测序平台进行 12-Plex 的外显子混合捕获。MGISEQ-2000 在数 据 A. 比对率 B. 捕获效率和 C. 覆盖均一性与 HiSeq X Ten 无明显差异。

均一高效捕获

                                   图2 (A)                                                                             图2 (B)

*图2(A).捕获效率更高。在相同文库,同一测序仪,相同测序通量的条件下,  与其他个品牌相比, xGen® Exome Research Panel 捕获效率高. (B).覆盖均一性更好 对比四个品牌在基因编码区(RefSeq和第一外显子1st exon,常为高GC 含量)的测序数据  xGen®Exome Research Panel覆盖度均一                                                                 

 *图3.GC偏好性更小。不同品牌全外显子靶向测序数据与全基因组测序数据(Whole Genome SequenceWGS)对比,xGen® Exome Research Panel 表现出接近WGS 的覆盖深度,且对GC 含量较高的区域有较好的覆盖。

支持混合捕获


图 4. NanoPrep™ 核心外显子捕获的重复性。同一样本两次建库,分别进行 1-Plex (500 ng) 和 12-Plex (6 μg) 混合捕获。A. 覆盖深度高度一致 (Pearson’s r = 0.94);B. 对不同 GC% 含量区域覆盖,12-Plex (CV=0.55)和 1-Plex (CV=0.61),无显著差异。

灵活扩展捕获区域


图5. 多款 Panel / 探针之间可以相互混合,灵活使用。

订购信息

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1056114

16 rxn xGen® Exome Research Panel v1.0

1056115

96 rxn xGen® Exome Research Panel v1.0

下载资料

Panel信息

1.xGen Exome Research Panel probes (bed)(下载请点击)

2.xGen Exome Research Panel target (bed) (下载请点击)

3.xGen Exome Research Panel gene list (下载请点击)

操作指南

1.利用xGen探针及试剂进行DNA文库杂交捕获操作说明(Illumina)Version2(下载请点击)

2.Sciclone G3 NGS自动化平台杂交捕获 下载请点击)

3.xGen Lockdown panel扩展方案示例 (下载请点击)

4.xGen Lockdown probes&panel溶解方案(下载请点击)

应用案例

1.支持多样本混合捕获的全外显子靶向富集方案下载请点击)

2.xGen Exome research均一、全面覆盖外显子组(下载请点击)

COA(Certificate Of Analysis)

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