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CRISPR-Cas9

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CRISPR-Cas9 tracrRNA

由于天然的tracrRNA较长(含有89个碱基),合成时不仅复杂而且费用高。因此IDT考虑将tracrRNA缩短,同时考察crRNA与tracerRNA在不同长度时的编辑效率。结果表明36个碱基crRNA与67个碱基tracrRNA组合时效率高。同时,67个碱基的tracrRNA与89个碱基相比成本更低,因此降低了客户的使用成本。此外,还可以通过化学修饰使其具有核酸酶抗性。

产品标题

CRISPR-Cas9tracrRNA

产品简介

由于天然的tracrRNA较长(含有89个碱基),合成时不仅复杂而且费用高。因此IDT考虑将tracrRNA缩短,同时考察crRNA与tracerRNA在不同长度时的编辑效率。结果表明36个碱基crRNA与67个碱基tracrRNA组合时效率高。同时,67个碱基的tracrRNA与89个碱基相比成本更低,因此降低了客户的使用成本。此外,还可以通过化学修饰使其具有核酸酶抗性。

tracrRNA

  • 优化长度的tracrRNA67nt,相比89nt S.pyogenes tracrRNA 较短。
  • 优化长度的tracrRNA基因编辑中靶率更高。
  • 可以提供ATTOTM修饰,帮助观察转染或电转效率优化实验条件;也可通过流式细胞荧光分选技术富集转染成功的细胞。

产品详情

Alt-R CRISPR-Cas9 tracrRNA

  • 通用型RNA序列(未标记或荧光标记),与crRNA或crRNA XT形成二元gRNA。
  • 包含额外化学修饰避免被细胞内RNases降解。

三种形式的gRNA 分别组装成RNP 进行基因编辑时具有相近的编辑效率

对三种形式的gRNAcrRNA:tracrRNAcrRNAXT:tracrRNAsgRNA分别与Alt-R Cas9 蛋白组装形成RNP,三者具有相近的基因编辑效率。

图1 不同形式的gRNARNP形式在细胞中进行基因编辑时,表现出出相近的编辑效率。靶向HPRT基因12个位点的三种gRNAAlt-R Cas9蛋白组装形成RNPCas9 蛋白:gRNA=1:1.2)。不同浓度RNP4 µM或0.25 µM )在2 µM的Alt-R Cas9 Electroporation Enhancer的作用下转入HEK-293细胞系。48小时后提取基因组DNA,利用二代测序(next generation sequencingNGS)方法进行基因编辑效率分析。在挑战性条件下,特殊形式的gRNA 表现更好。


将三种形式的gRNAcrRNA:tracrRNAcrRNAXT:tracrRNAsgRNA分别与Cas9 mRNA共同转入细胞系中,在这种具有挑战性的实验条件下,gRNA稳定性与编辑效率密切相关


图2 不同形式的gRNA与Cas9 mRNA共同转染进行基因编辑时,含有额外的化学修饰,稳定性更好的gRNA类型,编辑效率更高。靶向HPRT2个位点的gRNA(4 µM)与1 µg of Cas9 mRNA共同电转进入HEK-293细胞系。48小时后提取基因组DNA,利用NGS方法进行基因编辑效率分析。


三种形式的gRNA组装而成的RNP,基因编辑后引入突变类型一致

对三种形式的gRNAcrRNA:tracrRNAcrRNAXT:tracrRNAsgRNA分别与野生型Alt-R Cas9 核酸酶或高保真型Alt-R HiFi Cas9核酸酶组合形成RNP。因基因编辑引入的插入/缺失突变一致


图3 不同形式的gRNA产生的突变类型一致. 靶向EMX1基因12个位点的三种gRNAAlt-R Cas9核酸酶和Alt-R HiFi Cas9核酸酶预组装成RNPCas9 蛋白:gRNA=11.2)。4 µM RNP在2 µM的Alt-R Cas9 Electroporation Enhancer的作用下转入HEK-293细胞系。48小时后提取基因组DNA,利用NGS方法进行基因编辑效率分析.

Alt-R CRISPR-Cas9 RNA毒性低,不引起先天免疫反应

图4  Alt-R CRISPR-Cas9 RNA不会引发细胞免疫应答. 将靶向12HPRT1位点的Alt-R CRISPR-Cas9 gRNA复合体和相应的体外转录(in vitro transcribed,IVT RNA逆转染到稳定表达S.pyogenes. Cas9HEK-293-Cas9细胞中。 转染后24小时,测定IFIT1A)和OAS2B)(常见应激反应基因)的表达水平。(AqPCR结果显示:与IDT的二元gRNA crRNA:tracrRNA复合体形式相比,IVT形式的gRNA会明显诱导IFIT1的表达。(BOAS2基因表达的qPCR扩增数据显示IVT gRNA转染的细胞可测量到OAS2被诱导,而IDTgRNA复合体转染的细胞中的OAS2则处于基线水平。在其他3个基因 IFITM1RIGIOAS1中也观察到了类似结果

订购详情

tracrRNA

货号

产品信息

1072532

Alt-R CRISPR-Cas9 tracrRNA, 5 nmol

1072533

Alt-R CRISPR-Cas9 tracrRNA, 20 nmol

1072534

Alt-R CRISPR-Cas9 tracrRNA, 100 nmol

1075927

Alt-R CRISPR-Cas9 tracrRNA, ATTO 550, 5 nmol

1075928

Alt-R CRISPR-Cas9 tracrRNA, ATTO 550, 20 nmol


Free Duplex Buffer

货号

产品信息

11-01-03-01

10 x 2 mL Nuclease Free Duplex Buffer

11-05-01-12

300 mL Nuclease Free Duplex Buffer

*优化buffer用于crRNA:tracrRNA退火

下载资料

操作指南

1.利用Alt-R CRISPR-Cas9系统与Ultramer Oligo进行同源重组 (HDR)的操作指南 (下载请点击)

2. 非同源末端连接(NHEJ)的方法:

   Alt-R CRISPR-Cas 9 system-RNP脂质体转染操作指南(推荐)(下载请点击)

   Alt-R CRISPR-Cas 9 system-RNP 电转-Amaxa Nucleofector system (下载请点击)

   Alt-R CRISPR-Cas 9 system-RNP 电转- Neon Transfection system (下载请点击)

   Alt-R CRISPR-Cas 9 system-RNP 电转-  Gene Pulser Xcell system (下载请点击)

3. Alt-R CRISPR-Cas 9 system-RNP体外切割DNA操作指南。(下载请点击)

4. Alt-R CRISPR-Cas 9 system-质粒与引导RNAs转染操作指南 (下载请点击)

使用者总结的方法:

1.CRISPR-Cas9 RNP 转染-B.tryoni 显微注射-A Choo (下载请点击

2.CRISPR-Cas9 RNP 转染-线虫-A Dernburg (下载请点击

3. CRISPR-Cas9 RNP 转染-CD34+造血干和祖细胞-A Hendel (下载请点击)

4. CRISPR-Cas9 RNP 转染-人造干细胞-K Moore (下载请点击)

5. CRISPR-Cas9 RNP 转染-诱导性多能干细胞电转-NepaGene (下载请点击)

6. CRISPR-Cas9 RNP 转染-小鼠受精卵电转-NepaGene (下载请点击)

7. CRISPR-Cas9 RNP 转染-小鼠受精卵电转-Takemoto (下载请点击)

8. CRISPR-Cas9 RNP 转染-小鼠显微注射-CB Gutumurthy (下载请点击)

9. CRISPR-Cas9 RNP 转染-斑马鱼胚胎-J Essner(下载请点击)

应用案例

   运用Alt-R CRISPR-Cas 9 System提高同源重组效率(下载请点击)

   关于Cas9 nickases在基因编辑中的运用(下载请点击)

   关于Alt-R CRISPR Cas 9 ATTO 550荧光素修饰 tracr RNA-应用运用 (下载请点击)

产品资料

   Alt -R CRISPR-Cas 9 与 Alt-R CRISPR-Cas12a简要说明 (下载请点击)

   Alt-R CRISPR-Cas 9 基因编辑系统 (下载请点击)

   Alt-R S.p. HiFi Cas9 Nuclease 3NLS高保真Cas9蛋白 (下载请点击)

海报

1.利用IDT gBlock基因片段和CRISPR-Cas9基因编辑工具在组织细胞中进行基因敲除

  Optimized methods for gene disruption using CRISPR-Cas9 editing in cell culture with IDT gBlocks Gene Fragments (下载请点击)

2.ATTO™ 550 labeled Alt-R™ Cas9 tracrRNA 帮助荧光激活细胞分类及细胞内的RNP复合物可视化 

ATTO 550 labeled Alt-R Cas9 tracrRNA allows for FACS sorting and intracellular RNP-complex visualization (下载请点击

3.利用carrier DNA提高电转CIRSPR-Cas9 RNPs的基因编辑效率

Improved genome editing efficiency using carrier DNA in electroporation of CRISPR-Cas9 RNPs (下载请点击)

4.由CRISPR介导的利用单链DNA模板进行有效的同源重组修复

   Efficient homology-directed repair using single-stranded DNA templates (下载请点击)

5.新型Cas9蛋白在保持高中靶编辑能力同时有效减低脱靶率

   A novel Cas9 mutant confers reduced off-target gene editing while maintaining on-target potency (下载请点击)

6.CRISPR系统优化的引导RNA 

  Alt-R RNAs optimized for CRISPR (下载请点击)

安全数据说明(SDSs

HDR-Enhancer (下载请点击)

Alt-R CRISPR nucleases and nickases (下载请点击)


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